頂点カラーとは、材質の色とは関係なく頂点ごとに付けられた色のことです。[頂点色]コマンドによって頂点に色を割り付けることができます。
Shiftキーを押しながら頂点をクリックすると、その頂点の色を現在の色にします。
Ctrlキーを押しながらだと、指定した頂点の色を消去します。
頂点カラーは曲面指定されたオブジェクトには無効となります。
MQO以外の多くのファイル形式では頂点カラーはサポートされていません。頂点カラーは、主にゲームなどのローポリゴンのオブジェクトに利用されますが、CG制作など多くの用途には利用されることは少ないと思います。